魏晋时期，皇宫突发一起血案。宫女英慧(周放饰)在父母被杀后逃出皇宫。据传英慧带走了父亲收藏的华佗《青囊经》最重要的部分章页，皇上随即令太尉司马魁和大臣王赞缉捕英慧。

华佗弟子善珍因医术高明深得皇室宠幸，他创办的针灸治病的神针堂家喻户晓。其弟子皇甫谧(陈浩民饰)聪慧过人，但医术尚欠火候，善珍望其脚踏实地、刻苦学艺。

皇上(焦恩俊饰)要赐一宫女给善珍，他故意说喜欢女弟子香苓(王鸥饰)，婉拒皇上好意。但皇上依然派人来赐婚，此时香苓正要被华镇梁记大药房公子梁柳娶走，本就不愿意嫁给梁柳的香苓趁机上了善珍的花轿。皇甫谧等弟子将香苓抬回神针堂准备与师傅完婚，但他在花轿内发现了受伤的宫女英慧，皇甫谧让好兄弟布准(樊少皇饰)将英慧送到山寨保护起来。

善珍在与香苓的婚礼中突然晕倒，皇甫谧却果断下针，却还是没有挽回师傅的性命。此时宫中派人来请善珍给小皇子治病，善珍已故，二师兄难当大任，香苓果断决定让皇甫谧前往。皇甫谧稳定住小皇子复杂的病情，得到了皇上的赏赐。但梁柳为了得到香苓，诬陷皇甫谧想娶师娘而故意加害师傅，置其于死地。朝廷大臣王赞救下了皇甫谧，因为皇上的宠妃欲让皇甫谧为其治疗不孕之症。

皇甫谧与香苓情感深厚，梁柳对此耿耿于怀。梁柳在父亲被皇甫谧气死后，决定与皇甫谧拼个你死我活。梁柳的干爹司马魁在皇宫手握重权，他故意将皇甫谧和香苓的事说予皇上。皇上见到香苓后心动不已，香苓一再婉拒，皇上赐其贞节牌坊，这使得皇甫谧与香苓的前路雪上加霜。

皇甫神医剧照

司马魁怀疑英慧与神针堂有关系，便要梁柳暗中调查。差点上当的英慧在布准等人的努力下，最终看清了梁柳的真面目。

皇上多次要求功绩显著的皇甫谧进宫做官遭拒，司马魁趁机挑唆，诬陷皇甫谧藐视皇上。与此同时名士嵇康因拒写《帝王世纪》被赐死，皇甫谧只得委屈求全同意为皇上写史，但他更重要的任务是完成《针灸甲乙经》。瘟疫突如其来，皇甫谧请缨前往疫区;而司马魁与梁柳却贪赃枉法，并企图害死皇甫谧。在布准、英慧等人的帮助下，皇甫谧和香苓先后脱险，两人感情日益深厚。

司马魁寄希望于外甥女怀上龙种以达到控制皇权的目的一直未能如愿，梁柳与丽妃偷情怀孕，司马魁担心被皇甫谧发现，一心想将其灭口。

皇上将觊觎已久的香苓带入宫中强行封妃，香苓逃出宫后前往西域。因欺瞒皇上受到宫刑的梁柳不思悔改继续作恶，并带领兵勇将有着长生不老称号的封衡抓捕。皇甫谧赴西域救封衡时巧遇布准和英慧，他们沿途又遇到了香苓所在的西域某国进献美女的马队。皇甫谧与香苓虽然重逢，但香苓和西域国曼丽公主一同进了宫，香苓跟皇上说如果把她充斥后宫必会引起麻烦。果然西域国向朝廷腹地发起进攻，司马魁带兵去反击却被毒箭射中。

为害死皇甫谧，梁柳偷走其《帝王世纪》手稿，并将其扔进深山老林。皇甫谧被香苓父母所救，因祸得福赢得了撰写史书的时间。香苓的到来使皇甫谧对《青囊经》的完成更有信心。

皇上以为皇甫谧再次逃跑，却在御书房发现了皇甫谧如期完成的手稿。感慨万千的皇上下令赠予皇甫谧一车书籍，并给予其自由。皇甫谧和香苓终在清静的山林里结为夫妻。