从麦克华斯基(大眼仔)小时候的户外教学开始，他参访怪兽公司时，受到一位来自怪兽大学惊吓专员的鼓励，大眼仔也从此下定决心总有一天一定要成为一位惊吓专员。

故事又推进到大眼仔上怪兽大学之后的故事，终于成为怪兽大学的学生之后，进了惊吓学院，在宿舍的房间认识了自己的室友-蓝道，两人后来成为好朋友，在课业上彼此互相帮助，玩乐也是在一起玩耍。大眼仔在后来便开始为将来能够成为惊吓专员而努力，不久后他认识了詹姆士 ·苏利文(毛怪)，毛怪他父亲是一位专业的惊吓专员因此有不少的知名度，也因此加入了菁吓会(Roar Omega Roar)(由惊吓课程中的菁英所组成的兄弟会)，但他对课业却不怎么认真，也喜欢恶作剧，两人也因此陷入了疯狂的竞争。

到了学生都要通过惊吓学院郝刻薄院长的期末考时，大眼仔和毛怪在彼此的争斗当中不小心弄坏郝刻薄院长的终生成就惊吓电力瓶，虽然郝刻薄院长没有对这件事情感到愤怒，但却认为大眼仔和毛怪都没有学习惊吓的资格而不让他们学惊吓课程，毛怪也因此被菁吓会会员踢出会，而对大眼仔怀恨在心。

电影怪兽大学剧照

大眼仔加入了怪兽大学最烂的万事OK社(Oozma Kappa)，参加学校所举办的怪兽惊吓杯大赛，并跟郝刻薄教授赌如果万事OK社赢了，就要让大眼仔重返惊吓课程，要不然就退学。在报名截止日当天报名时本来人数不够无法参加，原本想找因为迟到而凑巧出现在大眼仔眼前的蓝道加入，然而蓝道却早已经是菁吓会的会员了，结果最后是毛怪加入，使万事OK社可以参加比赛，至此，蓝道和大眼仔的一段时间以来的友情正式结束。本来在第一关卡就出局的万事OK社由于怒吼社(Jaws Theta Chi)使用违规药物参加比赛被取消资格而奇迹晋级，大眼仔和毛怪也因此了解到要彼此互相帮助才可以度过难关，因此大眼仔教导万事OK社的人如何运用自己的能力突破难关，也让其他的兄弟会刮目相看。菁吓会邀请他们参加兄弟会派对，但也借此侮辱万事OK社的人，这此举动让大眼仔带领万事OK社的人偷偷溜进怪兽公司，并让他们看专业的惊吓专员是如何吓人的，大眼仔和毛怪也开始培养深刻的友谊，不料被怪兽公司的警卫发现，仓惶逃出后，大家开始认真起来，陆续的比赛，最后终于要跟菁吓会进行最后总决赛的前一晚，毛怪向郝刻薄院长表示如果他和大眼仔回到惊吓学院，希望她不要记仇，但郝刻薄院长反问毛怪他到底认不认为大眼仔是否有能力吓人。

到了总决赛，比赛项目是模拟吓人，而且设定难度非常高，依电量瓶的能量进行评分，在倒数第2场比赛中，毛怪对上蓝道，毛怪因为非常凶猛的吼叫声影响到蓝道的比赛成绩，还让蓝道的身体保护色呈现有红色爱心形状外加白色的底色，蓝道也因此遭到嘲笑和责骂，此时的蓝道便发誓要击败毛怪，蓝道和毛怪也因此结下梁子，为后来的蓝道将毛怪视为劲敌的事情埋下种子。当万事OK社跟菁吓会平手时，换到最后一位大眼仔，大眼仔竟然轻松突破记录，帮万事OK社拿下冠军，之后大眼仔发现有人在惊吓模拟器上动手脚，把他的设定难度调到最低，毛怪最后也承认他因为怕大眼仔没有能力去吓人而在模拟器动手脚，最后大眼仔非常伤心又愤怒的离开，万事OK社的成员也把奖杯扔在一旁。

毛怪也因此非常自责，并向郝刻薄院长承认作弊，表明自己承担责任，不料这时大眼仔闯入了惊吓门研究室，想要挑战连郝刻薄院长都束手无策的门，但反而被困在里面，毛怪也进入了门里面，找到大眼仔，大眼仔对自己没办法吓人而感到非常伤心，而毛怪也诉说自己其实也是很害怕吓人，不料两人快要被人类发现想逃回怪兽世界时，发现门通往怪兽世界的通道被郝刻薄院长关闭了，因此大眼仔就想到利用人类尖叫声来重新启动门的电源(如果有看怪兽公司的人应该就会知道此原理)，在两人的协力下，成功吓倒要搜索他们的人，尖叫声所产生的电力强到把郝刻薄院长身旁全数的电量瓶给充爆，两人也成功逃出，然而学校辛苦研究的门被炸毁了，郝刻薄院长被他们所做的事情震惊不已，然而两人也最后被退学了。

要离开前夕，万事OK社感谢大眼仔所做的一切，因为他万事OK社的成员得以参加下学期的惊吓课程，就在毛怪和大眼仔离开时，郝刻薄院长表示毛怪和大眼仔是首次让她出乎意料的学生，并祝福他们两人一路顺风，最后两人提早加入怪兽公司，先从分信员做起，他们成为惊吓专员的道路就此开始。