唐僧师徒四人取经成功三百年后，天摇地动，魔头无天突然降临，佛祖圆寂，三界大乱。无天占据灵山，自称“无天佛祖”，并召集剧情介绍众妖宣称：三十三年后如来还会借助转世灵童的法身托生，依仗十七颗舍利子夺天地造化，法力无边，重返三界。若要永久占领天庭统治世界，必须利用孙悟空拿到十七颗舍利子，杀死转世灵童。被无天押在冥界的唐僧，识透无天的野心和阴谋，深知只有悟空才能消灾解难，便念起紧箍咒。正在花果山与八戒闲聊的悟空得知师父有难，立即驾云出山，一路上但见林木萧索，人迹稀罕，顿觉大事不妙，经燃灯佛祖点化，方知三界正在面临一场浩劫。

转世灵童乔灵儿已经长成一个丰神俊秀的年轻人，这天正在家中为祖父祝寿庆喜，突然闯进一伙女匪，要将灵儿劫持上山。灵儿当场斥责她们的强盗行径，匪首白莲花大怒，将灵儿押回山寨，断水断食，灵儿宁死不屈，莲花反倒深受感动，直抒自己的爱慕之情，奄奄一息的灵儿含笑死去，被大鹏护法将尸身叼走。

悟空和八戒来到双塔郡双塔寺，悟空合并双塔寺内的双塔，将双塔化成一颗舍利子，却被俯冲下来的巨鹰 齐天大圣-孙悟空

(大鹏护法)夺走，悟空与八戒追到凤头山，只见灵儿口中正含着那颗舍利子苏醒过来。

无天得知悟空找到转世灵童，即命黑袍护法带二金刚前去抢夺，唐僧又气又急，纵身跃出轮回隧道，途遇哪吒，二人同去寻找悟空。

悟空与八戒将灵儿带回花果山，黑袍与众妖将山围定，适逢唐僧领哪吒赶来，哪吒与悟空、唐僧将二金刚击毙。黑袍带伤跑回灵山报信，无天下令各路妖魔一齐出动，企图夺回灵童。

唐僧师徒将灵儿转移到东华山，交碧游仙子与其师东华帝君看护。碧游与灵儿相处十分融洽，日久生情，终于碧游向灵儿吐露衷肠。灵儿对她虽有朦胧爱意，但却难忘莲花，故离开东华山在世间四处飘泊，不幸为无天所获。无天使用黑莲圣火及其元神黑莲煅杀灵儿，竟无法伤其分毫，方知必须得到十七颗舍利子才能得逞，于是令黑袍务必在三十三天内将十七颗舍利子全部找到。

悟空等历尽千辛万苦，终于找到十六颗舍利子，不慎误中无天埋伏，急将舍利子一口吞下。无天将悟空置于沸鼎之内，意欲用烈火炼出舍利子，唐僧师徒异常焦急，派出能抵御弱水剧毒的八戒前去营救，悟空长时间在烈火中炙烤，开始化出舍利子，八戒击杀拦路的妖魔救出悟空，唐僧师徒与众神汇合，与无天展开一场生死决战。

距离如来返回只有一个时辰，众神虽奋力拼搏，仍难取胜。当悟空得知自己就是制服无天的第十七颗舍利——无骨舍利时，毅然跳入火海，化为一颗斗大的舍利子向无天击去，巨响声中，无天身形化作飞灰飞逝，如来现出金身返佛界，三界归于平静。众人齐心协力凝聚意念，悟空奇迹般地回来了。

如来佛祖封孙悟空为新的万佛之祖——南无大圣舍利尊王佛。悟空打坐莲台含笑合十异常安详。

整个剧中颠覆了西游记的理念，从顽劣不堪、任性调皮到正义勇敢、舍己为人的孙悟空，从丑陋异常到英俊潇洒的猪八戒，从佛学理论到领略了武学真谛的唐三藏……