清光绪年间， 香河县知县马东阳从京城回县的途中被一伙神秘的蒙面人拦截暗杀。刚刚亲政的光绪闻讯大怒，欲派人前往香河县查办此案，西太后欲命自己的御厨牛不耕接任知县，光绪反对，要派民间神厨石竹香。于是二人各派一厨子去上任，分单双日坐堂审案。

石竹香原来也是进士出身，因为不肯贿赂吏部所以一直没有给他放官，只得在京城靠当厨子为生而且作出了名堂。他领旨后与皇上身边的贴身太监小寇子一道来到香河县，不料新官上任，便被当地恶势力所欺辱。牛不耕因曾在皇宫里给西太后当过御厨，深得老佛爷赏识，所以他当官更是有恃无恐，无恶不作，以"有偿办案"为名，公然索要钱财。石竹香一次次地坏了他的好事儿，于是他处处与石竹香作对，更不服石竹香的神厨烹饪之术，几次与之斗菜比艺，却是屡屡败阵。

石竹香的夫人本来想把丈夫当官的喜讯告诉父亲，不料回到家时才得知父亲已经故去，留下绝命书--除非"石头做了米、厨子做了吏，"才认石竹香这个女婿。原来石竹香是靠了自己高超的烹饪手艺把美丽聪明的穆小卉骗到自己手中来的，结果引起穆员外的仇恨。小卉有一大弱点——贪嘴爱吃，正因为这一点，才与被父亲所鄙视的石竹香走到了一起。因父亲去世，小卉十分难过，更是要石竹香好好当官，以告慰父亲的在天之灵。每当石竹香不好好当官时，小卉便以要"休"他为由逼他就范。

荣禄的女儿蓉秀与俄国公使之女苏姗娜一同来到香河县，投石竹香为师，学习烹饪。不想苏姗娜因贪吃而渐渐对石竹香有了信赖，并暗暗喜欢上了他。小卉见状，知道那苏姗娜正像当年自己被石竹香所诱惑一样，马上警告苏姗娜，并劝走了苏姗娜，同时又做红娘，把对自己依然有威胁的蓉秀格格嫁给了石竹香的叔伯兄弟石黄岩。

石竹香不畏牛不耕一伙的恶势力，用烹饪之术治理一县，结果歪打正着，接连破获了一起又一起大大小小的案件，(有"争牛案"、"互换家产案"、"酒楼食物中毒案"、"恶和尚火化案"、"石家祖传玉餐具案"等等，)终于破获了马知县被杀一案的真相--原来是荣禄为了让光绪皇上断子绝孙，买通太医马院判下药，而马院判将荣禄的阴谋记在了给皇上诊病用的"脉案"之中。石竹香找到这本《脉案》，终使真相大白，不想"脉案"却被康有为的维新派所利用，以此来促使光绪与西太后的绝裂，并欲刺杀太后，反使西太后以镇压变法为名将光绪软禁起来而自己再次垂帘听政。

厨子当官剧照

在查马知县被杀一案时，石竹香发现原来"真凶"是穆小卉的干哥哥后来当上县衙巡检的傅天仇，此人是穆员外的干儿子。其实傅天仇心中一直暗恋着穆小卉，直到他为穆小卉和石竹香去死时，才道出了深埋在心底的对小卉的感情……

石竹香细查之下，发现原来那马知县根本没有被傅天仇杀死，而是天仇为了保护自己的恩人马知县，伪造了一个刺杀的假现场。最后二人被荣禄派来的杀手所杀，那本大家都在寻找的皇上的《脉案》落在了石竹香手里。

石竹香断明马东阳被杀一案之后，被荣禄及牛不耕所陷害，因一道菜名有反清复明之意而被捕入狱，一直跟随他的太监小寇子挺身而出，把罪名揽到自己的身上，被推到了菜市口斩首。而一直帮助石竹香的贵族格格蓉秀因为不满其父荣禄的专制，已经毅然嫁给了康有为的弟子、石竹香的堂弟石黄岩。变法失败后，黄岩被流放宁古塔，蓉秀执意追随而去，感天动地。

石竹香辞官不做欲回乡，可牛不耕不服石竹香，强逼他与自己斗菜--烹饪河豚并吃河豚，以生死赌输赢。石竹香与牛不耕同时吃下了各自所烧的河豚，结果牛不耕端起石头砸了自己的脚，石竹香带夫人小卉前往故乡香河而去……