环境污染和遗传被公认为两种主要的致畸因素。家族成员中有各种先天性疾病时，其后代发生机率高于正常人群。人类体内、体外环境改变和污染是引发本病的可能追溯到的常见因素，主要有：

1.药物：能够通过血脑屏障的抗感染药物、精神类药物以及毒品等。

2.感染：孕早期三个月内受到病毒性感染如感冒、疱疹等。

3.疾病：精神类疾病等。

4.代谢紊乱：糖尿病患者、服用减肥药物或利尿剂期间意外受孕。

5.环境污染：包括水、空气、食品、居住区域等等。

6.营养不良：孕期呕吐严重等使母体和胎儿出现不同程度的营养不良。比如：偏食嗜好可能造成营养摄入不够丰富和平衡，常见的维生素、微量元素缺乏……

7.胎儿缺氧：母体存在不同原因引起的贫血，使血液中氧气携带量不足以供给母子两方面代谢。

8.外伤：外伤引起胎盘受到刺激，或间接引发母亲精神紧张、情绪波动。

另外，家庭成员长期依赖酒精类、咖啡因、烟草，或从事放射性辐射密切的工作，可能影响胚胎的质量，都有可能诱发新生儿先天畸形。

唇腭裂儿童并发其他先天性缺陷的概率高于正常人群，常见并发畸形包括：先天性心脏病、多指(趾)或并指(趾)、外耳畸形、弱智、肾畸形、胃肠缺陷和小头畸形等。