灵魂摆渡3剧情继续讲述了夏冬青和鬼差赵吏、九天玄女王小亚三人在处理一件件有关鬼魂和灵魂的故事中感悟人生的故事。

人眼所看到的一切，未必是这世界的最真实的一面，而或许仅仅只是最表面的现象。

常人所能看到的东西兴许是有限的，但这世上还存在一种特别的人和一种特别的眼睛。那双眼睛的特别之处就在于他能看到常人常眼所看不到的景象，他所能看得到的世界并不单单只是现实中活生生的，有温度的人们，他还能看见另一个世界里那些没有温度的、冰冷的、阴森森的生人，而拥有这双与众不同的眼睛的人是一个叫做冬青的年轻人。

透过这双特别的眼睛，冬青看到了另一个世界的爱与忧伤、梦想和追求;透过这双眼睛，冬青相继结识了邪魅狂狷的“灵魂摆渡人”赵吏和善良美丽的女孩王小娅。不仅如此，冬青甚至几乎爱上了那名叫做王小娅的女孩!然而，他们却在后来的某一天里同时从冬青的生活中消失了，就像他们最初毫无预警的突然出现在冬青的眼前……而随着赵吏和王小娅的消失而消失的还有以前一间作为灵魂驿馆的便利店。一切都消失得无影无踪，更没有留下任何痕迹，仿佛不曾有人认识过那个叫做王小娅的大学生，也不曾有个鬼魂见过那个叫做赵吏的灵魂摆渡人。最终，留在冬青耳际的只有赵吏在临走时的那一句赠言：“当月亮变成红色的时候，我会回来找你。”

灵魂摆渡3剧照

很快，一年过去了。冬青也考上了研究生。此时的他的身边已经不乏好友与欢笑。他同普通人一样正常的生活，正常的吃饭、睡觉、上课、交流、嬉戏、玩笑……独独不对任何人提起昔日的事情，包括自己眼睛的秘密。作为一名普通的学生，没有人知道他深藏的秘密，更没有人知道他拥有一双与众不同的，可以窥见另一个世界的眼。

某日，等待中的月亮变成红色的那一天终于到来了，但是赵吏却没有回来，回来的是王小娅。然而，再次出现在冬青面前的王小娅却再不是昔日冬青所认识的那个女大学生王小娅，而是一名身份变为九天玄女的王小娅。而此时的没有出现如赠言那般出现的赵吏则深受重伤，躺在一间精神病院里，神志不清，昏迷不醒。经过一番思量，冬青与九天玄女决定实施一个计划以救出遭到邪灵禁锢的赵吏。终于，费尽一番周折后，赵吏成功脱离了邪灵的控制，他们三人也再度汇合了。

过后，冬青购置了一栋海边别墅，三人便在这里重新开始了一段有笑有泪的奇异之旅……旅程中，他们遇见了拥有天女血统的少女;失足坠楼的建筑民工;为写畅销书而沉迷毒药的作家;追寻前世姻缘的痴情女子;寄托了亡者思念的南海人鱼……然而，沿途出现的景象却不单单只有这些或快乐或忧伤，或幸运或令人叹惋的故事，随着他们的脚步而来的还有潜藏于黑暗之中的邪恶的影子。这些邪恶的影子在他们三人的身边时隐时现。譬如，那一直潜伏于中国，对神州大地俯视耽耽的日本怨灵……